Los Auxiliares Navales se organizan en flotillas y unidades regionales, distribuidas a lo largo del territorio nacional.

Cada miembro forma parte de una estructura jerárquica inspirada en la organización naval, encabezada por un Comodoro Nacional, seguido por comandantes de flotilla, unidad y secciones especializadas.

La estructura fomenta el liderazgo, el trabajo en equipo y la responsabilidad en cada nivel de servicio.