Las flotillas son el núcleo operativo de los Auxiliares Navales. Cada una está compuesta por unidades con embarcaciones, personal técnico y voluntarios capacitados.

Actualmente operamos en diversas zonas del país, incluyendo:

• Barahona
• Haina
• La Romana
• Luperon
• Monte Cristi
• Palmar de Ocoa
• Puerto Plata
• Punta Cana
• Samana
• Santo Domingo

Cada flotilla cumple misiones locales de apoyo, vigilancia, y capacitación.